„Die Kirche befürwortet, dass jeder seinem Gewissen folgt. Jeder ist frei, seine Meinung zu sagen, auch im Inneren der Kirche. Mehr noch: Es ist sogar Pflicht des Katholiken, die Kirche auf Fehlentwicklungen aufmerksam zu machen“, so Pater Lipke. Benedikt XVI. betont entsprechend in „Dogma und Verkündigung“, der einfache Glaube der lebendigen Kirchen habe Instanzcharakter. Unter Umständen erfasse er „den Kern zentraler als es die in viele Einzelschritte und Einzelkenntnisse zerteilte Reflexion tut.“
Natürlich müsse man aber unterscheiden, erläutert Pater Lipke: „Etwa kann man völlig unterschiedlicher Meinung sein, ob die Ernennung eines Bischofs die richtige Entscheidung war. Es gibt aber, wenn man so will, eine ,Grenze’ der Meinungsfreiheit, wenn es nämlich um die Identität eines katholischen Christen geht. Jeder ist frei, nicht an Jesus als Sohn Gottes zu glauben, aber dann muss man auch eingestehen, dass man kein katholischer Christ ist.“ Von dieser Einschränkung mache die Kirche gelegentlich Gebrauch, wenn etwa einem Theologieprofessor die Lehrerlaubnis entzogen wird: „Er kann sagen, was er will, aber nicht, wenn er dabei vorgibt, im Namen der Kirche zu sprechen. Hier kommt auch eine Exkommunikation in Frage – allerdings wirklich nur in sehr, sehr drastischen Fällen“, so Pater Lipke.